1 面向用户的前端服务层
用户直接使用交互的窗口 用户能用什么
| 能力 | 说明 |
|---|---|
| Wiki 页面 | Gene、Species、Dataset、SequenceRecord、Literature 等对象页面 |
| 关键词检索1 | 搜索基因 ID、物种名、数据集、文献标题、别名 |
| 知识图谱查询跳转 | 在页面中展示对象关系，并支持跳转到相关 Gene、Trait、Orthogroup、Literature |
| 语义检索2 | 用户用自然语言描述问题，系统找相关页面、文献、证据 |
| AI 对话 | 基于知识库检索结果进行解释、总结和推理 |
| 即时分析计算 | BLAST、GO/KEGG 富集、候选基因分析等，建议先做入口和任务模型 |
2 后台智能体与自动化流水线
自动执行维护和分析任务
2.1 Data Ingestion Agent
存储对象、关系、索引、文件、任务状态
2.2 Normalization Agent
2.3 Evidence Evaluation Agent
2.4 Archive Agent
2.5 Indexing Agent
2.6 Literature Curation Agent
2.7 Evidence Evaluation Agent
2.8 Analysis Agent
2.9 User Task Agent
3 数据与基础设施层
| 组件 | 存什么 | 作用 |
|---|---|---|
| 对象数据库 | Gene、Species、Dataset、Literature、Trait | 保存标准知识对象 |
| 关系数据库/图数据库 | Gene-Trait、Gene-Orthogroup、Gene-Literature | 支撑知识图谱查询 |
| 证据数据库 | EvidenceClaim、confidence、source | 支撑可信度和追溯 |
| 对象存储 | FASTA、GFF、PDF、BLAST 库、大文件 | 保存不可直接进数据库的大文件 |
| 搜索索引 | 标题、别名、描述、摘要 | 支撑关键词检索 |
| 向量数据库 | 文本 embedding | 支撑语义检索 |
| 任务队列 | BLAST、GO/KEGG、文献处理任务 | 支撑异步计算 |
| 计算环境 | BLAST、Python/R、生信工具 | 执行分析任务 |
| 日志与归档 | 更新日志、checksum、版本报告 | 支撑复现和回滚 |
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